Desde la caída de Alejandría en manos de las legiones de Octavio aproximadamente en año 30 a.C., se acentúa la decadencia ya iniciada anteriormente: todo se reduce al trabajo de los comentaristas y solo extraordinariamente surge alguna nueva idea. Entre estas excepciones podemos mencionar a Ptolomeo (s.II), cuya Composición matemática (llamada Almagesto, el "Gran Libro", por los árabes medievales) es una síntesis de toda la astronomía geocéntrica en la antigüedad y obra de referencia obligada hasta Copérnico. También a Diofanto (s.III), que superó el enfoque de la geometría introduciendo el álgebra en la matemática griega. El último matemático griego importante fue probablemente Pappo (S.III-IV) y pertenece a un período en que las líneas irracionalistas habían sofocado el espíritu científico de la antigüedad clásica a favor de la magia, la astrología y la alquimia.
Más allá de Alejandría, en Roma, la figura de Galeno, es de mención obligatoria como heredero de la tradición hipocrática. La influencia de éste se extendió hasta el siglo XVII y su obra manifiesta el notable esfuerzo de integrar fundamentos filosóficos tomados del aristotelismo con el método experimental.