Bacon pretendió reformar la ciencia y el método científico, pero no pudo hacerlo, quizá porque no comprendió la importancia metodológica de las matemáticas. Finalmente, la revolución científica se produciría de la mano de los mismos científicos y Bacon, en realidad, no era uno de ellos.
A la muerte de Copérnico, en 1543, fue publicada su obra De revolucionibus orbium coelestium. El editor, Andreas Osiander, afirmaba en su prólogo que el texto sólo contenía hipótesis que permitían calcular los movimientos celestes, pero que no pretendía que tales hipótesis fueran "verdaderas", ni siquiera verosímiles, sino que únicamente tenían el objeto de permitir que los cálculos astronómicos fueran más acertados en relación a las posiciones "aparentes" de los cuerpos celestes. Esta no era la idea de Copérnico, pero la intención del editor era restarle importancia a la obra, para evitar el escándalo. Este prólogo, mantenía una concepción fenomenista de la ciencia: el fin de la Astronomía era el de "salvar apariencias" y no el de encontrar causas ocultas o los movimientos reales de los cuerpos celestes. Finalmente, cuando Kepler y Galileo defendieron la hipótesis heliocéntrica, se inció la gran revolución científica del renacimiento que acaba con el paradigma aristotélico-ptolomeico que había dominado el saber científico desde la antigüedad.
Las razones por las cuales se inició esta revolución que implico un cambio de paradigma, fue, en primer lugar, que el sistema antiguo resultaba cada vez más insuficiente para explicar los hechos y en segundo lugar, porque retomó las ideas del pitagorismo y el platonismo cuya fuerza había resurgido durante el Renacimiento. Esta influencia es notable en Kepler y aparece también, en menor medida, en Galileo.
Para los Aristotélicos, las matemáticas eran una ciencia secundaria que no resultaba útil a los efectos de interpretar la realidad dada su naturaleza abstracta. Pero muchos científicos renacentistas de la talla de Da Vinci y Galileo, tras evidente inspiración platónico-pitagórica, consideraban que las matemáticas eran el lenguaje mismo de la realidad. En efecto, la exigencia de matematización se apoya en un presupuesto indemostrable de origen platónico-pitagórico que ni Leonardo ni Galileo se preocupaban por demostrar. Estos supuestos están presentes también en Colérico que durante su años de estudio en Italia entró en contacto con esta corriente matemática mísitica e incluso en Kepler.
Puede resultar paradójico tal vez que la ciencia moderna haya recibido impulsos tan fuertes de la física pre-aristotélica, e incuso pre-socrática, con la influencia del atomismo. Sin tales influencias, hubiese sido mucho más complejo quebrar la sólida estructura hegemónica del modelo aristotélico-ptolomeico.
Fue entonces el renacimiento del platonismo y el pitagorismo lo que favoreció e impulsó la revolución científica. Aunque por cierto, otros factores como los descubrimientos geográficos, también influyeron en tanto ponían en duda la labor de Ptolomeo como geógrafo y cartógrafo. La imagen del planeta comenzaba a cambiar y se cuestionaba también el mapa celeste, indispensable para la navegación.
La revolución científica fu un largo proceso creativo que supuso una transformación en tres áreas esenciales: la imagen del universo, la concepción de la ciencia y la metodología científica. Naturalmente, no fueron pocas las consecuencias ideológicas y religiosas de todos estos cambios.