La transformación de la imagen de Universo obedece, en el fondo, a un transformación de la concepción de la ciencia, debida en gran aparte a la sunción del ideal platónico-pitagórico de la matematización de la Naturaleza. También aquí son eliminadas una por una las características de la ciencia aristotélica. La nueva ciencia es un mecanismo frente al organicismo y al teleologísmo aristotélico.
"Estoy muy atareado en la investigación de las causas físicas. Mi propósito es demostrar que la máquina celeste ha de ser comprada no a un organismo divino (el que piensa que un reloj está animado, atribuye a la obra la gloria del artífice), en la medida en que los movimientos múltiples se realizan gracias a una única fuerza magnética muy sencilla, con en el caso de una maquinaria de relojería, de la misma manera que en el reloj todos los movimientos son causados por un simple peso, demuestro como esta conceción fisica ha de ser presentada por medio del cálculo y la geometría" Kepler, 1605
Para el modelo de la ciencia aristotélica, la metáfora explicativa de la realidad era la de un organismo vivo, en efecto, de él derivaba su categoría fundamental, la substancia. Pero a partir de la modernidad, se impondrá un cambio de metáfora: la máquina más perfecta conocida hasta entonces, el reloj.
Descartes utilizará la misma metáfora, aunque no citará al reloj explícitamente, se referirá a otras máquinas como fuentes artificiales y molinos, para explicar el funcionamiento de los cuerpos vivos: el modelo se ha invertido en su totalidad, ya no es el organismo una metáfora válida para concebir modelos explicativos sino que incuso éste es concebido como una máquina.
La explicación mecanicista recurre solo a las partículas (materia extensa) y al movimiento mecánico, excluyendo las finalidades. En efecto, supone la recurperación de un conocido sistema filosófico griego: el atomismo de Demócrito. Se eliminan así los elmentos fundantes de la ciencia aristotélica, las formas y los fines, la nueva ciencia será cuantitativa y perderá de vista la finalidad.
El mecanicismo no alcanzará su apogeo sino hasta Newton cuyo sistema sólo dependerá de la materia y el movimiento para explicarlo todo. Kepler con el concepto de fuerza y Galileo con sus estudios de la mecánica terrestre, habían sembrado el camino en esta línea.
El mecanicismo habrá de reducir la realidad a elementos suceptibles de ser cuantificables, como la cantidad, la extensión y el movimiento. Los fenómenos observados pueden ser matematizados de modo que se alcanza la realización del ideal platónico-pitagórico de una matemática universal.
Las categorías Aristotélicas, substancia, esencia, forma, cualidad y fin; fueron sustituídas por otras como "fuerza", "resistencia", "movimiento", "velocidad", "aceleración", "espacio" y "tiempo". Para la nueva ciencia, los conceptos de espacio y tiempo será conceptos de una relevancia intrínseca. El espacio físico se identifica con el espacio geométrico y el tiempo en una cuarta dimensión también mesurable. El tiempo, en efecto, puede representarse utilizando una línea recta y se puede relacionar con las tres dimensiones espaciales.