La revolución metodológica, afecto el objeto de estudio de la ciencia. Así, algunos temas dejaron de ser considerados "científicos", muchas explicaciones fueron abandonadas como irrelevantes (o como contrarias al principio de economía) y muchas sufrieron alteraciones fundamentales. Crombie sistematiza las principales transformaciones paradigmáticas respecto a la concepción aristotélica:
Aristóteles negaba la existencia de los átomos, el vacío, la infinitud y la pluralidad, así como también la posibilidad de que el espacio existiera independientemente de los cuerpos. La tierra, en el centro del universo, determinaba posiciones fijas e inmóviles: existía el "arriba" y el "abajo" y lugares "naturales" a los que se dirige el movimiento de los cuatro elementos. De manera opuesta, Platón y los atomistas, se manifestaron a favor de una concepción matemática espacial (esto es, independiente de los cuerpos) y además, la existencia de un espacio vacío e infinito.
Ejemplo de estas nuevas ideas es por ejemplo el pensamiento de Nicolás de Autrecourt quien aceptó claramente el atomismo, abandonando las formas aristotélicas y afirmó la existencia del vacío. Como consecuencia de la omnipotencia divina, Ockham admitió la pluralidad de los mundos, lo que implica aceptar consecuentemente, las determinaciones espaciales del universo. Si no hay un centro, ni límites, ni arriba, ni abajo... no hay nada fijo en el espacio. Entonces, el universo también podía crecer de manera tal que era potencialmente infinito.
También comienza a plantearse el problema de la gravitación universal, discutiéndose la tesis artistotélica de "movimiento natural" hacia el "lugar natural". Si bien estas idas, continúan siendo hegemónicas, debe destacarse la teoría de campo formulada por Bacon para quien el "lugar natural" es manifestación de una causalidad eficiente en la que opera una fuerza inmaterial que procede de los astros y lo llena todo. Esta formulación contradice el principio aristotélico que afirma que la acción a distancia es imposible, siendo condición necesaria el contacto físico.
Ockham observará que no es necesario admitir (de acuerdo al principio de "economía") que haya una heterogeneidad necesaria entre el mundo sublunar y supralunar: cualquier fenómeno puede ser explicado si se supone la homogeneidad del universo.
En la concepción aristotélica, todo movimiento "no natural" supone la intervención de un agente externo que se debe mantener en contacto con el objeto móvil (Por ejemplo, una piedra que se moviera en dirección diferente del centro de la tierra). De esta forma, el movimiento de los proyectiles solo podía explicarse como el movimiento de un "medio", como el aire, que se desplaza y hace lugar para que el proyectil pueda avanzar.
Filipón, neoplatónico del siglo VI, observó sin embargo que el aire no produce movimiento sino que en realidad, opone resistencia. Entonces, la solución teórica era admitir que el motor imprime en el objeto móvil alguna fuerza motriz. Esta explicación fu adoptada también por los árabes y por algunos representantes de la escolástica como Oliva y Marchia, que hablarán de una via motriz que será el antecedente de la teoría del impetus de Buridán, en el siglo XIIV.