Paracelso exhortó a su audiencia a ignorar la herencia de Galeno y Avicena y a centrar los tratamientos médicos en la acción libre de los procesos naturales.
En 1536 publicó su Gran libro de cirugía, que le procuró una todavía mayor notoriedad. Entre sus notables aportaciones a la medicina de la época cabe citar la primera descripción clínica de la sífilis, y, gracias a sus extensos conocimientos de química empírica, la introducción de nuevos tratamientos basados en sustancias minerales como el plomo o el mercurio.